На практике могут быть 2 варианта
1. По техническим ошибкам: здесь лояльны
2. Когда сами убираете расходы. Без доплаты пени могут наложить штраф и сбрасывается срок на проверку.
У нас имеем подтверждённые суммы (в двух декларациях), и налоговая будет если что запрашивать путевые листы + будет подтверждаться и вашими документами
В суде чаще всего доказывают по разнообразным документам +показаниям свидетелей. Можно уже и с неточностями, главное чтобы не было "полное фуфло" или случаев, прямо делающих документ недействительным (например, отсутствие даты выдачи в доверенности).
Цитата: II. Заключение договора перевозки груза, договорафрахтования транспортного средства для перевозки груза6. Перевозка груза осуществляется на основании договора перевозки груза, который может заключаться посредством принятия перевозчиком к исполнению заказа, а при наличии договора об организации перевозки груза - заявки грузоотправителя, за исключением случаев, указанных в пункте 13 настоящих Правил.Заключение договора перевозки груза подтверждается транспортной накладной, составленной грузоотправителем (если иное не предусмотрено договором перевозки груза) по форме согласно приложению N 4 (далее - транспортная накладная).
Если имеете в виду письмо ЕД-4-3/4681@, то моменты
1. В настоящее время функцию исполняет Минтранс, находящийся в подчинении Правительства
2. Некоторые считают нормативные акты, принятые в соответствии с Законом, выше юридической силой.
Т.к. принял орган равный или выше, то можно считать отменённым. Да и встречался с покупателями, требующими только ТН.