НДФЛ по всем обособленным подразделениям уплачен в налоговую по месту расположения головной организации

Добрый день! Подскажите ответ на такой вопрос. Есть ИП, у него 40 торговых точек расположенных на территории одного субъекта РФ, НДФЛ за сотрудников на этих торговых точках в 1 квартале 2016 года был уплачен по месту расположения головной организации одной платежкой. Позже мы свою ошибку поняли, и  НДФЛ с зарплаты за Апрель стали перечислять в разные налоговые инспекции, туда же соответственно подали и форму 6-НДФЛ, теперь налоговики тех налоговых видят начисления им за 1 квартал и требуют  оплаты. Подскажите как нам поступить, я так понимаю что нужно написать заявление в нашу налоговую, куда мы все платежи перечислили, но вот что именно писать? они ведь тоже видят что им начислено по 6-НДФЛ грубо говоря 15000, а перечислено 120 тысяч, что написать? или на возврат излишне уплаченной суммы заявление или на распределение этой суммы по разным ОКТМО ? но будут ли наши налоговики дробить эту сумму по разным ОКТМО ? я прочитала что это может сделать только казначейство, опять же по просьбе налоговой, которая получает от организации такое письмо. Подскажите, пожалуйста, наши действия, может быть кто то был в подобной ситуации. Заранее всем спасибо!